古老DNA揭示的人类的祖先是这样的……

古老DNA属于四十万年前未知的人类祖先。这个新发现可能就是绝种的人类进化分支叫做丹尼索瓦人(Denisovans)，跟尼安德塔人(Neanderthals )是有关系的。至2018年2月，从古代个体中提取的基因组总数已超过1300个。

虽然现代人是唯一存活的人类种，也曾有别种人行走在这大地上。包含了尼安德塔人，跟现代人最为相信的人种，还有大多居住在西伯利亚到东南亚的新发现，丹尼索瓦人。研究指出，丹尼索瓦人跟尼安德塔人有同样的根，但是基因却不一样。虽然两者都是同一个祖先演化而来的，它们却不太一样。

基因分析结果说，也许是人类的祖先跟这两种人交合。尼安德塔人的DNA组成大约1～4%现代欧亚人的基因组，而丹尼索瓦人则组成4～6%现在美拉尼西亚岛上新几内亚人，跟布干维尔岛(Bougainville Island )人的基因组。

2018年从古老DNA中揭示的五大神奇事件：

尼安德特人/丹尼索瓦人的第一代后裔

2018年，研究人员对生活在3.9万至4.7万年前的尼安德特人的五个新基因组进行了测序(《重建尼安德特人晚期的遗传历史》)，这让我们深入了解了尼安德特人遗传多样性的结构。我们还了解到，由于现代人和尼安德特人之间的相互交配，他们彼此赋予了与抵抗病毒有关的基因(《有证据表明，RNA病毒推动了尼安德特人和现代人之间的适应性渗入》)。但今年最令人兴奋的发现之一，或许是今年8月发表的一篇文章，其中公布了一名来自西伯利亚阿尔泰山脉丹尼索瓦洞穴9万岁女孩的基因组。她的基因组显示，她是尼安德特女性和丹尼索瓦男性交配的第一代后代(《尼安德特母亲和丹尼索瓦父亲后代的基因组》)。与同一洞穴的其他尼安德特人相比，她母亲的血统与来自欧洲的尼安德特人最为接近，这暗示了尼安德特人的长途迁徙。她的发现表明，这样的迁徙可能比之前的猜测更为普遍，而且并不仅限于尼安德特人与现代人类的配对;今年还了解到丹尼索瓦人和现代人之间可能至少有两种杂交事件(《对人类序列数据的分析揭示了两个古老的丹尼索瓦人混血人》)。这些发现有助于今年人类进化研究的一个重要主题:强调理解我们从尼安德特人和丹尼索瓦人祖先那里继承来的遗传变异的生物学后果。

对美洲土著民族遗传历史的新见解

我们从古老的DNA中了解到很多关于美国原住民历史的新知识。今年1月初，来自1.1万年前埋葬在阿拉斯加太阳河上游遗址的三名儿童中的一名的基因组揭示了一个以前只被假设的种群的存在:古白令人。他们与来自北美和南美的土著民族有着相同的祖先，但大约在2万年前与他们分离。今年晚些时候，这一群体的另一名成员在阿拉斯加的特瑞克里克洞穴被遗传鉴定。该个体可以追溯到9000年前;这两个被鉴定的个体在地理上的巨大差异表明这一种群分布广泛。

瓦努阿图人复杂的遗传历史

今年发表的两项重要的古代DNA研究，连同对当代人类基因组的分析，使人们对瓦努阿图人口的历史有了更深入的了解。它们共同表明瓦努阿图最早的居民来自具有东亚遗传血统的拉皮塔文化--拉皮塔文化是大洋洲及太平洋地区新石器时代文化。但是从2500年前开始，来自比斯马克群岛的巴布亚人开始迁移到这个地区;他们的遗传后代一直持续到今天，几乎完全取代了东亚祖先的血统。然而，瓦努阿图当代人民的许多语言都起源于拉皮塔语。这一发现突显出，基因遗传不一定能从文化/语言身份推断出来，反之亦然:这是近年来，古老的DNA多次给我们上的生动的一课。

对欧洲遗传历史的新见解

今年，两组与帝国实验室(Reich lab)合作的研究人员在两篇论文中发表了迄今为止规模最大的古代DNA研究，其中包括600多名生活在新石器时代至青铜时代之间欧洲人的基因组数据。这些基因组让我们更好地了解了欧洲历史上极为复杂的人口事件。研究人员发现，宽口陶器文化( Beaker culture)的传播是由于文化在欧洲一些地区的传播，但在其他地区，包括英国，大约在4400年前，大约90%的基因库被与大草原有关的祖先所取代。公元前12000年至公元前500年之间的欧洲东南部基因组显示，该地区的基因是动态的，生活在那里的个体与后来在整个北欧扩张的草原种群之间存在早期接触。

来自东南亚的古老DNA显示，在过去5万年里，人类至少经历了三次大规模迁徙。

今年，Lipson等人(《远古基因组记录了东南亚史前时期的多次迁徙浪潮》)和McColl等人(《东南亚史前人类》)发表了关于东南亚古代遗传多样性的第一个大型研究。这些研究表明，大约5000-4000年前，整个东南亚地区的农业人口从中国迁移过来，与大陆的Hòabìnhian人混居在一起(但并没有完全取代他们)。东亚不同人群基因组的遗传变异可以追溯到更晚的时期，这表明存在其他的基因流动事件。这种复杂的迁徙史有助于解决考古学家、语言学家和生物人类学家之间的长期争论。

这些只是今年古代DNA研究揭示的关于历史的一些有趣的事情。如果从更广泛的角度来看，还存在更多有趣的事件，比如在7000年前的人类遗骸中发现乙肝病毒，或者从切达人(Cheddar Man)基因组中重建他的外貌，或者美洲狗的进化史等等。